Для підготовки проекту закону наказом МОН було створено, під керівництвом міністра освіти і науки І.О.Вакарчука, робочу групу у складі семи підгруп, до якої увійшли керівники провідних вищих навчальних закладів України всіх форм власності і підпорядкування, народні депутати України, працівники секретаріату Комітету з питань науки і освіти Верховної Ради України, представники міністерств і відомств, громадських організацій та органів студентського самоврядування, керівники структурних підрозділів МОН.

Перша редакція проекту була розміщена на сайті МОН, окремі ключові проблеми законодавчого врегулювання діяльності вищої освіти в сучасних умовах були обговорені на підсумковій колегії міністерства з питань вищої освіти "Вища освіта України - європейський вимір: стан, проблеми, перспективи" 21 березня 2008 року.

Положення проекту закону, які визначають структуру вищої освіти, обговорювались на наукових конференціях, зокрема на міжнародному семінарі "Національна рамка кваліфікацій" за участю експертів Ради Європи у травні 2008 року, круглих столах, засіданнях президії Академії педагогічних наук України, молодіжних форумах, у трудових колективах вищих навчальних закладів.

За результатами громадського обговорення до МОН надійшло понад тисячу пропозицій і зауважень, багато з яких були враховані в редакції проекту закону.

30 травня 2008 року у міністерстві було проведено нараду з представниками науково-педагогічної громадськості та керівниками робочих груп, де погоджено остаточну редакцію законопроекту.

31 травня проект Закону України "Про внесення змін до Закону України "Про вищу освіту" подано Комітету з питань науки і освіти Верховної Ради України .

Розроблений законопроект передбачає суттєву реструктуризацію системи національної вищої освіти і приведення її у відповідність до вимог Болонської декларації, значне розширення автономії вищих навчальних закладів та удосконалення їх фінансово-господарської діяльності, підвищення ролі громадського самоврядування тощо.

Міністерство освіти і науки вважає, що прийняття закону у запропонованій редакції сприятиме суттєвому підвищенню якості вітчизняної вищої освіти, прискоренню її входження у європейський та світовий освітній простір.